A bactéria Xylella fastidiosa (a) é comumente observada em vasos do xilema de citros ou café em colônias envoltas ou incorporadas em uma manta ou substância de natureza desconhecida (b). Não se sabe se esta substância é produzida pelas bactérias para sua instalação e sobrevivência no xilema, ou se é excretada pela planta como defesa contra as bactérias, com o objetivo de isolá-las no vaso contaminado (c). A aparência geralmente é de uma "panqueca" ou "rocambole", em que o recheio são as bactérias.
Os vasos do xilema possuem poros (d) que, embora tenham dimensões suficientes, não permitem a passagem das bactérias uma vez que os poros de vasos adjacentes são separados por membranas celulares. Estas membranas teoricamente não tem dimensões  transponíveis pelas bactérias sem que sejam alteradas fisicamente ou dissolvidas. Como não se detectou até o momento a secreção de enzimas específicas para a dissolução de membranas celulares pela bactéria X. fastidiosa, acredita-se que a translocação da bactéria de uma vaso para outro adjacente ocorra raramente. Observa-se freqüentemente ao microscópio eletrônico, vasos completamente tomados por colônias de bactérias, adjacentes a vasos totalmente desobstruídos. Os cortes longitudinais apresentados têm aumentos de 2100 vezes (acima) e 5400 vezes (abaixo).

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